"Mereka tidak bisa mendamaikan sains dengan
doktrin gereja di Barat sebagai mana ulama-ulama
Islam yang mampu mendamaikan sains yang mereka
ambu dari Yunani itu dengan al-Qur'an. Akibatnya,
sains yang berkembang di Eropa adalah sains yang
sekuler seperti halnya sains di Yunani pada awal
mulanya. Nah, tugiis kita di UIN ini adalah mencoba
mengembalikan sains sekuler kepada sains yang
Islami".
(Prof. Dr. Harun Nasution-Republika)
"Kita ingin mengembangkan IAIN Jakarta ke arah
academic exellence. Jadi harus unggul dalam bidang
keilmuan. Keunggulan ini bukan saja di lingkungan
IAIN se-Indonesia, tapi juga perguruan tinggi
lainnya".
(Prof. Dr. Azyumardi Azra-Republik.1)
"Perubahan IAIN menjadi Universitas Islam sangat
menggembirakan. Ini berart IAIN mampu
mengintegrasikan diri pada perkembangan umum
dalam masyarakat kita, tidak menyendiri. Ini juga
merupakan sumbangan bagi lingkungan agama di
dalam pengembangan kehidupan pluralistik. Harus
ada proses saling mengambil dan memberi. Tanpa
ini, kita tidak akan mempu menjadi bangsa yang
satu".
(KII Abdurrahman Wahid-Kompas)